En el marco internacional, Boca fue ganador tres veces (2004, 2005 y 2006) del Campeonato Sudamericano de Clubes Campeones. Además, Boca fue campeón en las cinco primeras ediciones de la Copa Argentina, torneo instaurado en 2002 y organizado, al igual que la Liga, por la Asociación de Clubes. Paolo Quinteros, Byron Wilson, Martín Leiva, Sebastián Tato Rodríguez y Juan Sartorelli eran algunas de las figuras del plantel de Boca Juniors.